農業面源污染已成為三亞環境的主要污染源之一。三亞將開展畜禽及水產養殖污染治理和種植業面源污染治理，計劃到2018年，實現推廣測土配方施肥技術30萬畝次，水稻秸稈還田技術15萬畝次，推廣應用商品有機肥3萬畝次，廢舊農膜和農藥包裝物回收75%以上。

　　根據計劃，三亞將全面篩選和推廣低毒、低殘留農藥，開展農作物病蟲害綠色防控和統防統治；大力推廣測土配方施肥技術，實施秸稈還田，推進增施有機肥；針對主要農業集中種植區，建設生態溝渠、污水凈化槽、地表徑流集蓄池等設施，凈化農田排水及種植區地表徑流；加強種植業農藥包裝和農膜廢棄物回收，推廣易降解農膜產品。

　　畜禽及水產養殖污染治理方面，三亞將劃定養殖禁養區、限養區和適養區，依法關閉和搬遷禁養區或限養區內畜禽養殖場（小區）；對于污水直排河（湖）的畜禽養殖場依法予以取締；加強對現有規?；B殖場（小區）糞污污水貯存、處理、資源化利用設施建設，保障養殖廢水達標排放或資源化利用；建設有機肥廠，消納分散的中小型畜禽養殖場糞便。到2018年，治理范圍內的規模化畜禽養殖場廢水或廢棄物基本實現達標排放或資源化利用。

　　此外，三亞將依法取締海岸帶違法建設的水產養殖場；對不具備環保改造條件的養殖場堅決退出；對連片、集中養殖場，按區域制定整治方案，建設集中供排水及污染處理設施；積極推進水產養殖池塘標準化改造，完善水產養殖環保設施；強化水產養殖業執法監管，嚴格查處未達標排放養殖廢水、違法違規用藥等行為。