孵化過程離不開換氣，對于孵化機的換氣有兩種一種是排氣扇的定時換氣，在孵化的前期可以滿足胚胎的呼吸，可是隨著蛋的孵化時期加長，胚胎對于氧的需求會越來越大，然而僅憑排氣扇的換氣是遠遠不夠的，而良好的通風條件能夠供給胚胎充足的氧氣，同時排出二氧化碳，以保證胚胎的代謝和生理功能的正常進行，如果通風不良，會出現胎位不正或畸形胚胎，甚至胚胎死亡，這也是出殼難的原因之一。所以我們每臺孵化機上都設有很多通氣孔，但對于通氣孔的位置各個廠家都設置的不一樣，有的這開一個，那開一個，也不管什么位置，這都是盲目的做法，雖然會緩解胚胎缺氧的程度，但也造成了很多麻煩，例如供熱不足，供熱不均勻，換氣不完全，等等。那么怎樣設置通氣孔的位置才算合適啊？

　　首先我們要在箱子的靠近角的地方打上小的排氣孔，排氣孔的數量，要根據箱子的大小而定，該通氣孔不但能通風換氣，而且還起著調節上下溫差的作用，至于為什么要在這個位置，就和我們冬天生爐子要在墻角的原理一樣，空氣對流和渦流。

　　其次我們要在機器的側面上部打上大的排氣孔以備胚胎后期用肺呼吸用，不要多打多單會影響溫度濕度的，也不要少打，少打會使氧氣不足，一般二到四個為適宜。

　　再次風扇的后面要有通氣孔這樣可以保證孵化過程中每時每刻都有新鮮的氧氣被吸入，同時也增加了其他排氣孔排出二氧化碳的速度。

　　最后要在箱子的頂部打上一個排氣孔，因為二氧化碳的比重比空氣小。浮在孵化室的上部，為了防止二氧化碳中毒，我們要在孵化機的頂上留一個小孔。