1.溫度對消毒劑的影響
多數消毒劑的最佳消毒效果都與溫度有一定的關系。一般來說，多數消毒劑在低溫下消毒效果較差，當氣溫低于16℃時，一般消毒劑對大部分病原體失去作用。但消毒劑對微生物的殺傷力隨溫度的升高而增強，提高溫度可使常溫下某些殺毒效果不大的消毒劑增強殺毒效力。
溫度的變化對消毒劑的影響大小不同，一般情況下，溫度提高10℃，其殺菌力可提高一倍以上。同時應該注意，溫度可改變消毒劑本身的溶解度，對消毒劑的穩定性和作用時間有一定的影響。升溫不可超過消毒劑本身能承受的極限，以免造成消毒劑有效成分的蒸發或分解，影響消毒效果。如碘制劑和氯制劑由于本身具有較強揮發性，提高溫度會加速揮發，反而導致殺菌力下降。
2.濕度對消毒效果的影響
濕度對消毒劑有著顯著影響，不同消毒劑有其適應的相對濕度范圍。因為只有液體才能進入微生物體內，起到應有的消毒效果，固體和氣體均不能進入，所以一般固體消毒劑必須溶于水，氣體消毒劑必須溶于細菌周圍的液層中，才有殺菌作用。如在常用的甲醛蒸氣消毒時，當提高室內的相對濕度，可以明顯增強其殺菌效果。
但是濕度太大反而會影響消毒劑與微生物的接觸面積，從而影響消毒效果。例如，用過氧乙酸及甲醛熏蒸消毒時，相對濕度以60%～80%為最好。對于納米級干燥消毒劑，其作用機理是通過吸附環境中的細菌、病毒、寄生蟲卵、氨氣、水分等達到減少病原體和改善養殖環境的目的，受濕度影響也較明顯。
3.環境pH值對消毒效果的影響
環境pH值的改變可以從兩方面影響消毒劑的消毒效果。一是影響微生物的生長和繁殖，二是對消毒劑性質的影響作用。例如，季胺類消毒劑的殺菌作用隨著pH值升高而明顯加強，苯甲酸則在堿性環境中作用減弱，戊二醛在酸性環境中穩定而在堿性環境中殺菌作用加強;在堿性環境中，菌體表面的負電荷增多，有利于陽離子表面活性劑發揮作用。
